Para ocuparem este mosteiro o Rei D. Manuel, escolheu os Monges da Ordem de S. Jerónimo, tendo estes como principais funções, rezar pela alma do Rei e dar apoio espiritual aos que partiam da Praia do Restelo, à descoberta de novos mundos, sendo aliás a construção deste mosteiro financiada em grande parte pelos lucros do comércio das especiarias.
Por ter sido construído nos bancos de areia do Rio Tejo, a estrutura do mosteiro, não sofreu muitos danos com o terremoto de 1755, mas foi danificada pelas tropas invasoras francesas enviadas por Napoleão Bonaparte no inicio do Século XIX.
Claustro Mosteiro dos Jerónimos Séc. XIX
O que obrigou posteriormente a algumas intervenções arquitectónicas, que embora não tenham alterado a estrutura primitiva, vieram dar-lhe a forma que lhe conhecemos hoje.
Mosteiro dos Jerónimos Actualmente
O Mosteiro dos Jerónimos é hoje apontado como a "jóia" da Arquitectura Manuelina, integrando elementos arquitectónicos do gótico final e do renascimento, associando-lhe uma simbologia régia e naturalista.
No seu interior para além dos túmulos de El Rey D. Manuel, e seus descendentes, pode-se hoje encontrar no mosteiro os túmulos, do Rei D. João e sua esposa D. Catarina, o de D. Henrique e ainda as caixas tumulares de D. Sebastião, Vasco da Gama e Luiz Vaz de Camões, mais contemporâniamente também no local foram sepultados, Alexandre Herculano e Fernando Pessoa.
O Mosteiro Dos Jerónimos, foi declarado em 1907, como Monumento Nacional e em 1984, classificado " Património Cultural de toda a Humanidade", pela UNESCO.